自稱為“世界上最不幸的美少女”的春風DoReMi，一直相信這世界上有魔女，並希望自己成為魔女後可以向喜歡的人（當時是五十嵐學長）表白。

有一天放學時，春風DoReMi經過一間名叫“新旗山莉卡魔法堂”的店鋪。進入一探究竟時，碰巧拆穿了當時魔法堂的老板－“魔女莉卡”具有魔女身份，而導致她變成魔女青蛙。由於只有正式的魔女才可讓魔女莉卡恢復原貌，為了幫助魔女莉卡回復原狀，DoReMi成為了魔女見習生，並要在見習魔女9個級別（第9級至第1級）的考試中合格，從而取得魔女的象征──自己的水晶球，才能成為正式魔女。期間，初貴、愛子與DoReMi的妹妹泡泡，因為先後知道DoReMi 是魔女見習生，為了不讓DoReMi也變成魔女青蛙，因此也陸續成為魔女見習生。為了賺取使用魔力所需的魔法珠，所以要時常在魔法堂幫忙。期間也慢慢的參加升級試。在升級試的途中，Doremi等人獲得了精靈陪伴。

之後，魔女莉卡因為和魔女天娜賭博，而輸掉了魔法堂的經營權。後天娜轉賣其經營權給莉卡的勁敵－魔女露卡。DoReMi三人為了搶回經營權，使盡辦法，最後和露卡的魔法競賽中獲勝，奪回了魔法堂的經營權。

後來，她們三人發現遺留人間的邪惡卡（當時由魔女保管，但是由魔法師迪加大叔所偷走，因此遺落人間），此物會附在一些物品上，使其主人遇到災禍。魔女界女王命DoReMi三人為“聖潔使者”，並利用“聖潔電腦”和作為懲罰而被關在電腦中的迪加大叔來偵查和去除遺留人間的邪惡卡。

在第35話，偶像明星瀨川音符，以反派的身份轉學到美空小學，與DoReMi、初貴、愛子等人同班(3年2班)。其實音符也是位魔女見習生，而被她揭穿身份的魔女露卡也變成了魔女青蛙。而她也常用禁忌魔法（依照規定，魔法不能用來醫治疾病、起死回生、更改記憶以及改變他人思想，否則會受到懲罰，使用前兩者更會被魔法反噬），但因手執魔女露卡的護身符而得以避免懲罰。

最終，四個人都通過了一級魔女見習生考試，得到了水晶球，可以成為正式的魔女。但回到魔法堂時，卻被同…